Sci. Immunol. 10.1126/sciimmunol.abf7550 (2021).
SARS-CoV-2 genome-wide T cell epitope mapping reveals immunodominance and substantial CD8+ T cell activation in COVID-19 patients
Sunil Kumar Saini, Ditte Stampe Hersby, Tripti Tamhane, Helle Rus Povlsen, Susana Patricia Amaya Hernandez, Morten Nielsen, Anne Ortved Gang, Sine Reker Hadrup
Картирование эпитопов Т-клеток SARS-CoV-2 в геноме выявляет иммунодоминантность и существенную активацию CD8 Т-клеток у пациентов с COVID-19
Аннотация
Т-клетки важны для эффективного устранения вирусов, элиминации инфицированных вирусом клеток и долгосрочной защиты от болезней. Чтобы изучить полный спектр иммунитета CD8+ Т-клеток при COVID-19, экспериментально оценили 3141 главных связывающих пептидов класса I гистосовместимости (MHC), охватывающих полный геном SARS-CoV-2. Используя мультимеры пептид-MHC (pMHC) со штрихкодом ДНК в сочетании с панелью фенотипов Т-клеток, был представлен полный список из 122 иммуногенных и подмножества иммунодоминантных эпитопов Т-клеток SARS-CoV-2. Высокое распознавание CD8+ Т-клеток наблюдалось у пациентов с COVID-19, при этом до 27% всех CD8+ лимфоцитов взаимодействовали с SARS-CoV-2 производными эпитопами. Большинство иммуногенных областей были получены из открытой рамки считывания (последовательность нуклеотидов в составе ДНК или РНК, потенциально способная колировать белок) ORF1 и ORF3, причем ORF1 содержал большинство иммунодоминантных эпитопов. У здоровых доноров также наблюдалось распознавание CD8+ Т-клетками более низкого сродства к SARS-CoV-2 производным эпитопам. Эта ранее существовавшая сигнатура распознавания Т-клеток частично перекрывалась с ландшафтом эпитопов, наблюдаемых у пациентов с COVID-19, и может способствовать дальнейшему расширению ответов Т-клеток на инфекцию SARS-CoV-2. Важно отметить, что фенотип CD8+ Т-клеток, специфичных для SARS-CoV-2, выявил значимую активацию Т-клеток у пациентов с COVID-19, в то время как минимальная активация Т-клеток наблюдалась у здоровых людей. Было обнаружено, что у пациентов с тяжелым течением заболевания наблюдалось значительно большее количество специфичных к SARS-CoV-2 популяций Т-клеток по сравнению с пациентами с легким течением заболевания, и эти Т-клетки демонстрировали устойчивый профиль активации. Эти результаты способны углубить понимание Т-клеточного иммунитета к инфекции SARS-CoV-2 и можно предположить, что сильные антигенспецифические Т-клеточные реакции связаны с различными исходами заболевания.
doi.org
Перевод на русский язык научной статьи осуществлен в соответствии с условиями открытой лицензии Creative Commons Attributions (CC BY) (
Creative Commons — Attribution 4.0 International — CC BY 4.0)
