Инфекции дыхательных путей и модификации микробиома кишечника: систематический обзор

PLoS ONE 17(1): e0262057.

doi.org

Respiratory tract infections and gut microbiome modifications: A systematic review

Claire A. Woodall, Luke J. McGeoch, Alastair D. Hay, Ashley Hammond

Инфекции дыхательных путей и модификации микробиома кишечника: систематический обзор

Аннотация

Инфекции дыхательных путей (ОРВИ) чрезвычайно распространены и могут вызывать симптомы со стороны желудочно-кишечного тракта и изменения кишечной микробиоты, однако эти последствия ОРВИ изучены плохо. Был проведен систематический обзор, чтобы оценить имеющиеся данные об изменениях микробиома кишечника у пациентов с ОРВИ по сравнению со здоровыми контрольными группами (PROSPERO: CRD42019138853).

Проводился систематический поиск исследований в

• Medline,
• Embase,
• Web of Science,
• Cochrane
• и базе данных клинических испытаний, которые были опубликованы в период с января 2015 по июнь 2021 года.

Исследования считались приемлемыми для включения, если они были человеческими когортами, описывающими микробиом кишечника у пациентов с ОРВИ по сравнению со здоровыми контрольными группами, и инфекция была вызвана вирусным или бактериальным патогеном. Общее количество зарегистрированных таксонов кишечных бактерий у пациентов с ОРВИ составило 115, включая 8 типов, 17 семейств, 55 родов и 35 видов.

Был проведен двойной скрининг и извлечение данных с их последующим обобщением. Было отобрано 1593 статьи и оценено 11 полных текстов для включения, в которых сообщалось об изменениях микробиома кишечника у пациентов с подтвержденным или подозреваемым ИРТ по сравнению со здоровыми, соответствующими контрольными группами.

Включенные исследования (некоторые вложенные) сообщали об изменениях микробиома кишечника в контексте тяжелого острого респираторного синдрома, вызванного коронавирусом (SARS-CoV-2) (n = 5), гриппом (H1N1 и H7N9) (n = 2), туберкулезом (ТБ) (n = 4), внебольничной пневмонией (CAP (n = 2) и рецидивирующим ОРВИ (rRTI) (n = 1).

Было обнаружено, что исследования пациентов с ОРВИ по сравнению с контрольной группой показали снижение разнообразия кишечного микробиома (по Шеннону) на 1,45 единиц (95% ДИ 0,15–2,50 [p, <0,0001]) и более низкое число таксонов (p, 0,0086). Метаанализ значения Шеннона показал значительную неоднородность между исследованиями (I2, 94,42). Непредвзятый анализ, отображенный в виде воронкообразного графика, выявил снижение количества Lachnospiraceae, Ruminococcaceae и Ruminococcus и увеличение количества Enterococcus. Важным недостатком исследования можно считать отсутствие когортных исследований, сообщающих об изменениях микробиома кишечника, и высокую гетерогенность между исследованиями, что может быть объяснено различиями в методах исследования микробиома и сопутствующими эффектами.

Ключевым преимуществом этого систематического обзора является то, что всесторонний поиск обеспечил идентификацию всей соответствующей литературы, включая тщательный объективный анализ зарегистрированных таксонов микробиома. В то время как другие систематические обзоры изучали изменения микробиома кишечника в контексте неинфекционных респираторных заболеваний, например, астмы и хронической обструктивной болезни легких (ХОБЛ) или на моделях животных in vitro, этот новый систематический обзор был разработан для оценки изменений микробиома кишечника, о которых сообщалось в исследованиях, где набирали пациентов с подтвержденными или подозреваемыми вирусными или бактериальными респираторными инфекциями, включая SARS-CoV-2, грипп, туберкулез и ВП.