Обсемененность и видовой состав исследуемого биотопа урогенитального тракта женщины зависит от фазы менструального цикла. Обследование женщин целесообразно проводить в первую половину менструального цикла, не ранее 5 –ого дня. Допустимо обследование во второй половине цикла, не позднее, чем за 5 дней до предполагаемого начала менструации. При наличии выраженных симптомов воспаления ,взятие материала проводится в день обращения. Накануне и в день обследования пациентке не рекомендуется выполнять спринцевание влагалища. Не рекомендуется взятие биоматериала на фоне проведения антибактериальной терапии ( общей / местной), применения пробиотиков и эубиотиков, ранее 24-48 часов после полового контакта, интравагинального УЗИ и кольпоскопии. Рекомендуется брать материал не ранее, чем через 14 дней после применения антибактериальных препаратов и местных антисептиков, и не ранее, чем через 1 месяц после применения антибиотиков перорально. Если для исследования берут соскоб из уретры, сбор материала проводят до или не ранее 2 - 3 часов после мочеиспускания.