Выявление условно-патогенных микроорганизмов методом ПЦР в режиме реального времени, тест-система БакСкринУПМ (BakSkrin. Detection of conditionally pathogenic microorganisms by PCR in real time)

Синонимы: Выявление условно-патогенных микроорганизмов методом ПЦР.

BakSkrin, PCR.

Краткое описание исследования «Выявление условно-патогенных микроорганизмов методом ПЦР»

Инфекционные болезни и в современном мире остаются одной из ведущих проблем медицины, в значительной степени определяя и здоровье людей, и продолжительность жизни.

Патогенность возбудителей инфекционных болезней – отличительный признак, позволяющий подразделять микроорганизмы на группы. К условно-патогенным микроорганизмам (УПМ) относятся возбудители, вызывающие развитие инфекционного процесса только при определенных условиях, например, при снижении иммунитета.

Часть этих бактерий представлена свободноживущими микроорганизмами (Pseudomonas spp., Acinetobacter spp.). Иногда они попадают на эпителиальные поверхности или во внутреннюю среду организма человека и могут вызывать инфекционные заболевания.

Другая группа адаптирована к существованию в нестерильных частях организма человека, связанных с окружающей средой. Это кожный покров, желудочно-кишечный тракт, верхние отделы дыхательных путей. Ее представители составляют нормальную (эндогенную) микрофлору человека, но различаются по вирулентности. Одни из них практически никогда не вызывают заболеваний человека, другие – часто, например, Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae, Haemophilus influenzae.

Различные виды бактерий проявляют тропность к определенным анатомическим нишам. В связи с этим каждому биотопу организма свойственна своя относительно постоянная флора. Являясь одним из защитных механизмов организма, она также может быть и резервуаром возбудителей экзо- и эндогенных инфекций. В каждом биоценозе регистрируются как резидентные, так и транзиторные микроорганизмы, среди которых немаловажное значение имеют условно-патогенные представители. Отдельные виды УПМ участвуют в формировании нормальной микрофлоры макроорганизма и в патогенезе ряда заболеваний.

Представители УПМ могут вызывать инфекционные процессы при самых разнообразных внешних и внутренних изменениях и условиях, таких как:

• прием различных медикаментов (иммунодепрессантов, гормонов, антибактериальных препаратов и т. д.);
• воздействие неблагоприятных факторов окружающей среды;
• снижение иммунитета;
• стационарное лечение;
• беременность и роды;
• преклонный и детский возраст;
• травматические состояния (механические повреждения целостности кожи, ожоги и др.);
• хронические заболевания (диабет, онкологические болезни и т. д.).

Особый интерес представляют заболевания, которые вызываются условно-патогенными микроорганизмами в стационарах, – нозокомиальные (госпитальные) инфекции.

Исследование позволяет выявить ДНК микроорганизма-возбудителя инфекционного заболевания методом ПЦР

Achromobacter ruhlandii

Achromobacter xylosoxidans

Acinetobacter spp.

Burkholderia spp.

Enterobacteriales

Citrobacter freundii

Citrobacter koseri

Enterobacter cloacae

Escherichia coli

Klebsiella pneumoniae + Klebsiella oxytoca

Klebsiella pneumoniae

Morganella morganii

Proteus spp.

Serratia marcescens

Enterococcus spp.

Haemophilus spp.

Haemophilus infl uenzae

Pseudomonas aeruginosa

Staphylococcus spp.

Staphylococcus aureus

Stenotrophomonas maltophilia

Streptococcus spp.

Streptococcus agalactiae

Streptococcus pneumoniae

Streptococcus pyogenes

Бланк с результатом содержит информацию о выявленной ДНК условно-патогенных микроорганизмов.

С какой целью выполняют исследование «Выявление условно-патогенных микроорганизмов методом ПЦР»

Предназначен для выявления ДНК условно-патогенных бактерий классов Bacilli, Betaproteobacteria и Gammaproteobacteria, вызывающих нозокомиальные и внебольничные инфекции, в препаратах ДНК, полученных из биологического материала человека и бактериальных культур из этого биоматериала (мокрота, моча, мазки/соскобы из дыхательных путей, желудочно-кишечного и урогенитального тракта, фекалии, аспираты, экссудаты) методом ПЦР в режиме реального времени.

Что может повлиять на результат исследования «Выявление условно-патогенных микроорганизмов методом ПЦР»

Несоблюдение правил подготовки к исследованию может повлиять на результат.

Литература

1. Бабяк А. С., Полина А. В. Резистентность микроорганизмов к противомикробным препаратам //Международный студенческий научный вестник. – 2017. – №. 6. – С. 11-11.
2. Белобородов Б. В. и др. Диагностика и антимикробная терапия инфекций, вызванных полирезистентными микроорганизмами //Вестник анестезиологии и реаниматологии. – 2020. – Т. 17. – №. 1. – С. 52.
3. Гончаров А. Е. и др. Молекулярно-эпидемиологический мониторинг в системе эпидемиологического надзора за инфекциями, связанными с оказанием медицинской помощи. Федеральные клинические рекомендации – М., 2014. – 45 с.
4. Клинические рекомендации. Определение чувствительности микроорганизмов к антимикробным препаратам. – 2018.
5. Первухин С. А. и др. Антибиотикорезистентность грамотрицательных возбудителей нозокомиальной пневмонии у пациентов отделения реанимации и интенсивной терапии //Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия. – 2019. – Т. 21. – №. 1. – С. 62-68.
6. Сухорукова М. В. и др. Антибиотикорезистентность нозокомиальных штаммов Enterobacterales в стационарах России: результаты многоцентрового эпидемиологического исследования МАРАФОН 2015-2016 //Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия. – 2019. – Т. 21. – №. 2. – С. 147-159.
7. Фармакология с рецептурой: учебник для медицинских и фармацевтических учреждений среднего профессионального образования / Под ред. В. М. Виноградова. — 6-е изд., испр. и доп. // – СПб.: СпецЛит. – 2018. – 647 с.
8. Яковлев С. В. и др. Стратегия и тактика рационального применения антимикробных средств в амбулаторной практике. Евразийские клинические рекомендации. 2016 год //Педиатрия. Приложение к журналу Consilium Medicum. – 2017. – №. 1. – С. 17-25.
9. Яковлев С. В., Суворова М. П., Быков А. О. Инфекции, вызванные карбапенеморезистентными энтеробактериями: эпидемиология, клиническое значение и возможности оптимизации антибактериальной терапии //Антибиотики и химиотерапия. – 2020. – Т. 65. – №. 5-6. – С. 41-69.
10. Якупова А. Ф. и др. Современные методы диагностики в бактериологической лаборатории //Научный Лидер. – 2022. – С. 25.
11. Alcock B. P. et al. CARD 2020: antibiotic resistome surveillance with the comprehensive antibiotic resistance database //Nucleic acids research. – 2020. – Т. 48. – №. D1. – С. D517-D525.
12. Gajic I. et al. Antimicrobial susceptibility testing: A comprehensive review of currently used methods //Antibiotics. – 2022. – Т. 11. – №. 4. – С. 427.
13. Kalland K. H., Kommedala Ø., Ulvestada E. 11 Molecular Microbial Diagnostics //Genomics and Clinical Diagnostics. – 2019. – С. 299.
14. Tsang K., Speicher D., McArthur A. Pathogen taxonomy updates at the comprehensive antibiotic resistance database: implications for molecular epidemiology. – 2019.

Правила подготовки к исследованию «Выявление условно-патогенных микроорганизмов методом ПЦР»

Взятие материала желательно проводить до диагностических и лечебных манипуляций в предполагаемом месте локализации возбудителя.

Взятие биологического материала рекомендуется проводить до начала применения лекарственных препаратов (антибактериальных, противовирусных, противопаразитарных). При проведении исследований в целях контроля лечения целесообразно проводить взятие проб на ПЦР-тесты не ранее, чем через 10-14 дней после окончания применения соответствующих препаратов локального действия и не ранее, чем через один месяц после проведения системной терапии.

При подготовке пациента к процедуре следует учесть:

При соскобе эпителиальных клеток ротоглотки:

• за 6 часов до исследования не рекомендуется использовать лекарственные средства для орошения ротоглотки и препараты для рассасывания;
• перед проведением исследования не чистить зубы, не использовать жевательную резинку/пастилки для освежения дыхания;
• перед началом исследования прополоскать полость рта водой комнатной температуры.

При соскобе эпителиальных клеток урогенитального тракта

Обследование женщин целесообразно проводить в первую половину менструального цикла, не ранее 5-го дня. Допустимо обследование во второй половине цикла, не позднее, чем за 5 дней до предполагаемого начала менструации. При наличии выраженных симптомов воспаления, взятие материала проводится в день обращения. Накануне и в день обследования пациентке не рекомендуется выполнять спринцевание влагалища. Не рекомендуется взятие биоматериала на фоне проведения антибактериальной терапии (общей/местной) и во время месячных, ранее 24-48 часов после полового контакта, интравагинального УЗИ и кольпоскопии.

И для мужчин, и для женщин, рекомендуется брать материал не ранее, чем через 14 дней после применения антибактериальных препаратов и местных антисептиков, и не ранее, чем через один месяц после применения антибиотиков перорально. Если для исследования берут соскоб из уретры, сбор материала проводят до или не ранее 2-3 часов после мочеиспускания.

При исследовании мочи

Следует собирать первую утреннюю порцию мочи в количестве 20-30 мл в стерильный флакон. Не рекомендуется взятие биоматериала на фоне проведения антибактериальной терапии.

Желательно соблюдать все описанные условия, если лечащим врачом не рекомендовано иное.

В каких случаях проводят анализ «Выявление условно-патогенных микроорганизмов методом ПЦР»

Интерпретация результатов исследований содержит информацию для лечащего врача и не является диагнозом. Информацию из этого раздела нельзя использовать для самодиагностики и самолечения. Точный диагноз ставит врач, используя как результаты данного обследования, так и нужную информацию из других источников: анамнеза, результатов других обследований и т.д.

Трактовка результатов исследования «Выявление условно-патогенных микроорганизмов методом ПЦР»

Даётся информация:

• о наличии или отсутствии ДНК условно-патогенных микроорганизмов;
• о роде или виде выявленных представителей условно-патогенной флоры.